Tüm dünyada yeni bir düzenin hakim olduğu alternatif bir gerçeklikte geçmekte Code Geass. Bağımsız bölge olan Avustralya hariç her yer 3 büyük gücün konrolünde veya yavaş yavaş kontrolüne geçmekte. Bu 3 güçten biri olan Britanya Krallığı geniş enerji kaynakları için Japonya’yı, “Knight Frame” adındaki devasa robotları kullanarak işgal etmiştir. Kuşatma sırasında Japonya’da bulunan, Britanya kraliyetinin varisi olan sürgün prens Lelouch arkadaşı Suzaku’ya bir söz verir. Kraliyeti bir gün yok edip, Japonya’yı özgürlüğüne kavuşturacaktır. 7 yıl sonra, Lelouch, kazandığı özel güçlerin de yardımıyla isyan kuvvetlerinin başına geçer. Suzaku’nun kraliyetin yeni prototip robotu olan Lancelot’un pilotu olduğundan habersizdir ama…